Kampung Punan Malinau awalnya bernama Kampung Bowling yang masyaraktnya berasal dari suku Dayak Punan yang tinggal di hulu sungai Malinau. Pada tahun 1970, Kampung Tersebut dipimpin seorang Kepala Kampung yang bernama Bapak Nyoh Lih Yang yang menjabat selama kurang lebih 30 tahun, dari tahun 1970-2000. Pada tahun 1986 Kampung Bowling mulai didatangi oleh para pendatang dari Bulungan, tepatnya Desa Long Barayang, Kecematan Peso yang dipimpin oleh Bapak Njau Jalung yang berasal dari Suku Dayak Kenya Lepo Lepuh. Para pendatang tersebut bermaksud untuk mencari lokasi pemukiman serta lokasi perkebunan, karena mayoritas masyarakat dayak kenya Lepo Lepuh merupakan petani dengan sistem ladang berpindah.

Masyarakat Dayak Kenya Lepo Lepuh mendapatkan ijin tinggal dan menetap di Kampung Bowling melalui pertemuan dengan tokoh masyarakat, namun lokasi tempat tinggal mereka masih berada di dalam muara sungai Malinau. Pada tahun 1987 masyarakat tersebut disatukan dalam sebuah kampung yaitu Kampung Punan Malinau yang lokasinya bersebelahan dengan Kampung Bowling.Pada saat itu Masyarakat Kampung Punan Malinau masih dianggap masyarakat terasing sehingga mendapatkan binaan dari Departemen Sosial.

Pada tahun 2001 terjadi pergantian jabatan kepala kampung yang diserahkan kepada bapak Wang Hau, salah satu pejabat Kecematan sebagai pejabat sementara menggantikan bapak Nyoh Lih yang telah lanjut usia selama dua tahun lima bulan, yaitu dari tahun 2001-2003.

Sejarah pemerintahan Kampung Punan Malinau adalah sebagai berikut :

Tahun 1970-2000 : Dipimpin oleh Bapak Nyoh Lih Yang
Tahun 2001-2003 : Bapak Wang Hau (PJS)
Tahun 2004-2008 : Dipimpin oleh Bapak Bitli Njau
Tahun 2008-2012 : Dipimpin oleh Bapak Lukas Tengah
Tahun 2012-2013 : Dipimpin oleh Bapak Lih Iwang (PJS)
Tahun 2013- 2020 : Dipimpin oleh Bapak Luis Laing.
Tahun 2020-2024 : Dipimpin oleh Bapak Luis Laing.